מלפפון חמוץ מציע יתרונות בריאותיים שונים, במיוחד בשל תהליך החמיצה שבו הוא עובר, שמשפיע על ערכיו התזונתיים. הוא מקור טוב לחיידקים פרוביוטיים, שמסייעים בשיפור בריאות מערכת העיכול, תורמים לאיזון חיידקי המעי ומפחיתים בעיות עיכול כמו עצירות או גזים. בנוסף, המלפפון החמוץ מכיל סיבים תזונתיים, שעוזרים בשיפור העיכול ומניעת בעיות מעיים.

מלפפון חמוץ גם מכיל ויטמינים ומינרלים, במיוחד ויטמין K, שמסייע בשמירה על בריאות העצמות והדם. הוא עשיר גם באנטי-חמצון כמו ויטמין C, שעוזר לחיזוק המערכת החיסונית ולהפחתת דלקות בגוף.